基因组相关概念
- 基因组、比较基因组、同源性
- BLAST原理 Synteny
- 重测序
- 群体遗传
- 单倍型定相
分析图表
- 家族分析：HMMER、Phylogeny进化树、保守基序分析
- 真菌基因组 BSA性状定位分析
- 遗传图谱构建及QTL定位
基因组测序
基因测序从抢发 一物种已发表 到 基因密度升级
草图 —> 高质量图谱
N50长度指标(序列中位数所在基因片段的长度) 如scaffold N50 5.558M
初代测序技术、光学图谱技术 —> Hi-C技术(2019) 更少的gaps
比较基因组分析 基因家族收缩/扩张 pan-genomes(对几个到几千个代表性个体测序 构建代表整个物种的基因序列集合)
“全基因组复制”
GPT: 全基因组复制，你可以把它想象成一次彻底的“代码库备份”。简单来说，就是在生物进化的某个时刻，一个生物体内的整套基因组，不是单个基因，而是全部DNA，被完整地复制了一份。这个生物就突然从“二倍体”变成了“四倍体”（甚至更高倍性）。
重复序列的命运：A失活 非对称丢失；B基因剂量保留 表型增强；C积累突变新功能化；D 分化亚功能化
基因家族 某个祖先基经复制、在漫长进化历程中演化形成的序列相似、功能常常有相关的基因
NBS Nucleotide-Binding Site，也就是核苷酸结合位点 可以把它理解成一个基因编码的蛋白质上的一个“分子开关”或“能量引擎”。含有NBS结构域的基因，本身就构成了一个庞大而重要的基因家族——NBS-LRR基因家族。这个家族是植物免疫系统的核心