图像格式
Images(or voxel)
dcm (DICOM Image): DICOM的全称是 Digital Imaging and Communications in Medicine (医疗数位影像和传输协定)
它是一组通用的标准协定，可以整合不同厂商的医疗影像仪器、伺服器、工作站、列印机和网络设备
和其他格式不同的是它統合了所有的資訊在同一個資料內，也就是說，如果有一張胸腔X光影像在你的病人個人資料內，這個影像決不可能意外地再從你的病人資料中分離。
Meshes
stl (STereoLithography, 立體光刻),用于表示三角形网格的一种文件格式。它的文件格式非常简单，只能描述三维物体的几何信息，不支持颜色材质等信息。
以二进制.stl文件为例，文件起始的80个字节是文件头，用于存贮文件名；紧接着用 4 个字节的整数来描述模型的三角面片个数，后面逐个给出每个三角面片的几何信息。每个三角面片占用固定的50个字节1
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8UINT8//Header//文件头
UINT32//Numberoftriangles//三角面片数量
//foreachtriangle（每个三角面片中）
REAL32[3]//Normalvector//法线矢量
REAL32[3]//Vertex1//顶点1坐标
REAL32[3]//Vertex2//顶点2坐标
REAL32[3]//Vertex3//顶点3坐标
UINT16//Attributebytecountend//文件属性统计
ply (Polygon File Format, 多边形档案),该格式主要用以储存立体扫描结果的三维数值，透过多边形片面的集合描述三维物体,是相较stl更丰富的方式1
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28ply
format ascii 1.0 ...{ 文件类型：ascii或binary，版本号 }
comment made by anonymous ... { 注释行 }
comment this file is a cube ...{ 注释行 }
comment texture file {纹理贴图文件}
element vertex 8 ...{ 定义“顶点”元素，其数量为8个 }
property float32 x ...{ 顶点的x属性，数据类型为float32 }
property float32 y ...{ 顶点的y属性，数据类型为float32 }
property float32 z ...{ 顶点的z属性，数据类型为float32 }
property float32 textureu {纹理坐标}
property float32 texturev
element face 6 ...{ 定义“面”元素，其数量为6个 }
property list uint8 int32 vertex_index ...{ 面的顶点索引属性，类型为uint8的列表 }
end_header ...{ 文件头结束标志 }
0 0 0 ...{ 顶点元素列表 }
0 0 1
0 1 1
0 1 0
1 0 0
1 0 1
1 1 1
1 1 0
4 0 1 2 3 ...{ 面元素列表 顶点数 顶点编号 }
4 7 6 5 4
4 0 4 5 1
4 1 5 6 2
4 2 6 7 3
4 3 7 4 0
Marching Cubes Algorithm
Surface Extraction: Creating a mesh from pixel-data using Python and VTK
图像处理工具库
pydicom
1 | import pydicom |
vtk
三维计算机图形学、图像处理和可视化软件，内核C++构建，具备多种转换界面，支持Java、Python等方式调用
render: camera actor light
data set:
itk
ITK 是一个开放源码、面向对象的软件系统，提供一个医学图像处理、图像分割与配准的算法平台
xslt
PACS
医学影像存档与通信系统（英语：Picture archiving and communication system，PACS）